Började tidigt i flottan och växte snabbt i graderna. Fänrik 1773, 1780 - 1782 var han i tjänst i den franska örlogsflottan. von Rajalin var 1785-1787 guvernör i Saint-Barthélemy, Landshövding och Militärbefälhavare på Gotland 1787-1807, konteramiral 1791, viceamiral 1799, befälhavare i skärgårdsflottan under Gustav III:s ryska krig och i finska kriget, i finska kriget förde han befälet i skärgårdsslaget vid Palva sund den 18 september 1809 dagen slutade med rysk seger, utnämnd till amiral 1809 av Karl XIII, i oktober samma år lämnade han posten som befälhavare i kriget, landshövding i Gävleborgs län 1812-1813